インターネットの発達で、仮想空間の「電脳世界」が電気や水道のようなインフラになった時代。
電脳世界ではそれを悪用した犯罪が起こるようになり、警察は専門組織として電脳犯罪対策部を作ります。
部の新人・李沢舜生は、公安部の井之頭五郎警部に呼ばれ、
電脳犯罪グループ「マスカレイド」から警察に贈られたデバッグ装置を任されます。
悪性プログラムを削除できる一方で、反撃を受ければ現実の体にも被害が及ぶ危険な力です。
李沢は「仮面ライダーコード」に変身して戦い、技術職の佐倉双葉とともに、
対マスカレイドの特別支部で活動することになります。
敵側には、怪人を作る特撮好きの少女アカネがいて、電脳世界で李沢と何度も戦います。
特撮へのオマージュがちりばめられた、電脳世界の変身ヒーローものです。