魔法や魔術が生活に浸透し、魔法を悪用した犯罪を取り締まる魔法犯罪対策課が魔法庁に設けられた世界を舞台に、就職活動に89回失敗し続けていた大学生やる夫が主人公の物語です。恩師の高木教授の紹介で魔法庁長官の麻呂と急遽面接をすることになったやる夫は、内容もよく分からないまま採用の書類に印鑑を押してしまい、危険手当と引き換えに違約金付きの契約で魔法犯罪対策課への配属が決まってしまいます。
配属先は死傷者と誤射が絶えない荒くれ者揃いの部署で、課長のトーリや先輩の伊藤、ホライゾンやブレスといった個性的な同僚たちに迎えられたやる夫は、初日から謎の女性なのはに吹き飛ばされて負傷するなど、さっそく波乱に見舞われます。ドタバタとした職場に振り回されながら、やる夫が魔法犯罪対策課の一員として奮闘していく物語です。